曙光助力昆明植物研究所构建集群系统
DoSERV.com 发表于：10年01月29日 15:41 [来稿] DOIT.com.cn
首先谈谈硬件方案，昆明植物研究所高性能计算集群硬件系统包括计算子系统、存储子系统、网络子系统、管理诊断子系统、接入子系统以及基础架构子系统五个部分，系统整体架构如下图所示：
昆明植物研究所高性能计算机群是一个具有海量存储能力和超级计算能力的高性能计算环境，包括登录结点池、计算资源池以及存储资源池等。
高性能计算用户可以利用WEB、应用集成GUI以及Scripts三种方式连接到集群登录结点提交作业，并通过全局共享的并行存储资源池存储应用程序的输入文件和输出结果：
由于生物研究的特殊性，机群的整体安全性和可管理性非常重要，所以，集群采用的曙光DCSM机群安全模块源于智能防火墙技术，其核心思想是为机群系统的使用增加一道管理屏障。DCSM专门针对机群按进行了优化，在软件设计上增强了机群系统的接入控制和安全管理功能，使之与机群产品有机结合，从而更好地发挥机群网络安全门户的作用。
访问控制：非法用户无法入侵，不批准连门您都摸不着。
安全隔离：外网病毒、木马、以及入侵等恶意行为可以安全过滤防护。
节点映射：可以在安全的情况下与外界进行数据交互，如在线下载补丁包，上传特定数据。
远程安全接入：可以从远程拨号接入分中心，即使通过互联网络也可以安全地访问和管理机群。
安全管理：机群安全模块为机群增加了一个有效的网络安全策略管理的平台，提高机群应用的安全性。
日志统计：对任何进入机群节点的操作以及DCSM系统相关配置，都有详细的日志统计、审计，日志结果可按照IP、时间、流量等相关元素排序、统计、查询等操作，也可以报表、文本等多种格式输出。
除了安全性能，在散热设计上为了满足植物研究所超高密的系统散热要求，服务器内部设计了多处专用散热通道，每个通道保障不同部件的散热。通过独立散热通道，对部分发热量的部件形成隔离空间，强制形成前后空气对流，避免对周围部件的散热影响。
植物研究所采用的曙光CB85-F服务器，EP850-GF2服务器作为计算结点，峰值性能为10.3Tflops。
CB85-F是最新研发的新一代刀片式服务器产品，并专为HPC进行优化设计，单结点linpack效率超过85%。四颗处理器通过AMD Hypertransport总线直接实现互联，互联带宽高达8GB/s。每个处理器通过集成的内存控制器访问四通道内存系统，能够极大的满足研究所的运算需求。
昆明植物研究所超级计算机群系统具备业界顶尖的管理、诊断系统设计。全新管理平台包括内嵌于服务器结点的高集成度服务器硬件控制单元、机柜智能监控系统以及功能全面的管理软件系统Gridview和PowerConf(曙光研发的服务器专用管理软件)，如下图所示：
曙光Gridview v2.0服务器综合管理系统统一告警平台系统图示
昆明植物研究所在应用中测试发现，使用曙光Powerconf节能，效率能达到20%左右：
昆明植物研究所采用的10万亿次高性能计算集群系统占用5个机柜空间，考虑到未来一段时间的扩展需求，曙光还为研究所专门作了机房设计、配置和布局：
昆明植物研究所表示：西南战略生物资源超级计算分中心的建立，对我国植物及生物研究领域的贡献不可估量。感谢曙光高性能计算在生物研究领域多年来积累的丰富经验，正是出色的技术实力和行业经验的结合，解决中科院昆明植物研究所的系统需求与实际应用的需求。
关于曙光：
公司是一家在科技部、信息产业部、中科院大力推动下，以国家"863"计划重大科研成果为基础组建的高新技术企业。它以中科院计算所、国家智能计算机研究开发中心和国家高性能计算机工程中心为技术依托，拥有强大的技术实力。曙光系列产品的问世，为推动我国高性能计算机的发展做出了不可磨灭的贡献。2008年6月，每秒运算233万亿次的首台国产百万亿次超级计算机曙光5000A研制成功，从而使中国成为继美国之后，第二个能研制百万亿次高性能计算机的国家。
2006年7月，占地面积60余亩的曙光天津产业基地落成投产，实现民族高性能计算机产业的历史跨越。曙光高性能计算机连续14年稳居国产高性能计算机市场第一，拥有国产高性能70%以上的份额，并在高性能集群领域实现了国产机对进口产品的超越。曙光公司生产的系列服务器以技术先进、性能卓越、服务优良见长，曾获"国家科技进步一等奖、二等奖"、"中科院科技创新特等奖"、"2001、2003、2004中国十大科技进展"等多项国家级殊荣。
长期以来，曙光始终专注于服务器领域的研发、生产与应用，依托超级计算机的扎实功底，立足自主研发，通过不断技术创新，构建出拥有完全自主知识产权的全系列精品服务器，能全面满足用户从超级计算机到普通PC服务器的各项应用需求，在互联网、金融、电信、生物、气象、石油、科研、电力等多个行业有着大量成功应用。
