对于CIO来讲，现阶段最重要的任务是在现有的基础上更加有效的发挥系统本身的价值及其满足业务的需求，这就需要CIO做好ERP的二次开发工作。
企业部署ERP的方式决定了ERP二次开发最基本的模式。对于CIO来讲部署ERP系统不外乎三种形式：第一，企业购买现有的IT服务商的产品。第二，企业自主开发针对是于企业的实际情况产品，第三，选用一部分的软件服务商产品，然后结合企业自身的技术人员进行开发。这三种方式成就了CIO选择ERP二次开发最基本的模式。
此外，由于业务需求的不断变更，这也决定了CIO需要做好ERP二次开发工作。据一份调查的资料显示，全球75%的CIO在2010年开始选用BI系统，同时对于企业对于CRM同样也是越来越青睐。我们知道BI的分析需要底层数据的支持，没有数据的支持，BI就是一层“空架”，从ERP数据读取数据然后经BI工具进行分析，得出一套科学、合理的报表，为企业的决策层提供有利的市场工具。现阶段的现状是不同的BI服务商提供了大量标准的BI和ERP的接口工具，但目前在ERP本身领域的发展中，还没有一个非常成型或者是标准的BI出现，这就到导致了企业CIO在做BI的时，要对于ERP系统进行必要的二次开发，不仅仅是BI，CRM、SCM等实施同样也需要和ERP进行融合。因此，ERP的二次开发在企业中势在必行。
虽然ERP的二次开发在企业中势在必行，但这会存在诸多风险，譬如，增加或修改软件的功能易造成系统的不稳定或崩溃;二次开发的时间一般比较长，如果核心人员流失，对于企业有着非常重要的损失等。ERP二次开发存在很多的风险，但ERP的二次开发又必须做，那么作为CIO应该怎么办?如果因为害怕担风险，而不能去做好系统满足企业业务的需求，那么系统的价值也将无法体现出。那么企业的CIO在做ERP二次开发时究竟需要注意哪些问题，笔者认为有以下五点：
第一，不要修改核心代码做好原有ERP备份
一般来说，把数据从ERP中导出，利用二次开发的程序进行处理后，再导入系统。这是一个比较稳妥的方法。一般来说，软件升级时，数据导入导出部分变动不会太大，而且即使有变化，也容易进行相应的维护。而一旦直接修改了核心代码。过上两年，想升级可就难了。
第二，做好ERP二次开发成本控制
据资料显示，二次开发成本是一个考核CIO非常直接的指标。包括有形成本与无形成本。有形的如二次开发的ERP软件的授权费用、实施费用等;无形的如企业投入的精力、时间成本及在系统转换过程中可能对正常企业的影响。作为企业CIO要尽自己的最大努力把这个成本降低到最少。
业内资深专家曾经指出：“CIO对于企业的ERP二次开发前期要做一个良好的规划，要对二次开发的成本作出一个大致的预算，如总项目金额的5%等。预算做出以后就需要进行跟踪控制。在软件选型阶段，就可以发现一些明显的二次开发需求，CIO最好能够把这时候的二次开发成本推给软件供应商。”
第三、为企业争取尽可能大的利益
二次开发在在和软件口服务商“沟通”过程当中，应尽量的争取最大的利益任何企业应用信息系统，都会遇到升级的困惑，CIO在和服务商签署合同时，就应该把二次开发的成本、利益都想到，尽可以的让服务商和企业一起做好二次开发，这样在系统和企业业务的熟知程度方面做到“互利互补”。
第四、寻找二次开发合作伙伴
如果不用服务商所提供的服务或者是企业自身开发的系统，那么就需要CIO去寻找二次开发合作伙伴，选择合作伙伴要选同行业做得有成功案例的，CIO多去参考合作伙伴的用户使用情况，同时要结合企业IT部门自身的情况，选择合适的二次开发合作伙伴。
第五、避免开发人员流失，项目陷入困境
人才一直是企业最大的财富，对于CIO来讲，道理也是一样，IT人才在IT部门对于企业同样重要，在企业ERP二次开发的过程当中，如果IT人员流失，对于ERP二次开发项目非常不利，容易让项目进入一个死循环，而且在进行人才招聘时，有也会使项目的总体进度变慢，拖延企业有利的的时机，如何留住人才是每一个CIO在ERP二次开发中所要考虑的一个重要问题。
总之，ERP系统本身汇集了很多大公司优秀的生产管理经验，因此，对于CIO来讲，尽可能的对于系统少改，但市场是不断变化的，业务是不断不变化的，因此，ERP也是需要变化的，同时，会出现有的新管理需求，ERP不可可能性非常小。但我们认为，核心不应该改动。既然二次开发存在一些管理上的困扰，所以“能够少改别多改，若能不改胜少改”的原则绝对是正确的。
