供应链从价值链的整体效率出发，设计完整的工作流，打破企业内部职能部门的条块分割，同时在整条价值链上的各个企业间建立联系，共享需求和供应的最新动态。供应链带来的效益本身是相当明显的。然而具体到应用层面，确实存在一些实际问题不利于供应链管理的有效实施。
第一，企业的营销、计划、制造、物流、采购部门原先都是独立操作的部门，彼此孤立运作，仿佛隔墙抛砖。导入了供应链管理以后要求这些部门协同工作，从企业的整体利益综合考虑所有需求与供给的制约条件来制定并执行最优化的生产、采购计划，以满足需求。然而在协同的过程中，部门间难免会发生利益上的冲突，比如产品部门与采购部门从各自的角度出发会制定出不同的计划。产品部门会从重要客户和特定需求出发制定采购计划，而制造和采购部门则会从整体预算控制的角度考虑来做物料的采购，这样以产品为导向和以客户为导向的不同计划就会产生差异。
第二，供应链能够把需求信号反映到供应末端，同时也需要利用生产与库存的现况反过来约束前端的营销部门。需求满足能力的最大化就是要尽量避免不计成本地满足，不计成本地营销，因为它们是不可持续的模式。
第三，企业的研发部门制定出的产品架构通常过于市场导向，过于复杂，在物料的重复使用率和模块化等等方面的考虑比较欠缺。目前企业领导者能够从供应链运营效率出发考虑研发的还比较少。
这些问题实际上可以归结为供应链管理在促进企业不同部门(营销、研发)之间互动时存在的困难。它们共同的解决办法就是在企业中建立一个强势的组织，来推行和强化供应链管理。
国外以供应链管理为主导的制造业企业已经相当普遍。其组织结构依管理模式不同可以不一而足，但是有一点原则是共通的：它们都有一个特定的职能部门把营销、计划、采购、生产、物流等部门统一协调起来。无论这个供应链各环节的日常运作是否归于这个职能部门，这个部门一定能够以整体效率的提升为出发点来协调企业各职能部门的利益关系，从而保证供应链上信息和物流的顺畅运转。这个部门的具体职能应该包括：
制定采购、生产、交付、物流等部门的关键绩效指标，以便随时并快捷地衡量他们的业绩。
制定新的业务流程保证供应链的优化;制定业务规则和各部门的工作原则;保证业务流程的优化和创新。
在贯彻实施供应链管理时需要一个特定的部门全面的把握供应链体系，把每一个定单每一个需求以利润最大化的方式来满足。
供应链管理不只是一个软件，它针对企业的业务流程进行了优化。这个流程由于行业的不同当然不可能一概而论。可以举两个例子。在半导体高科技产业，大家已经比较熟悉的供应商管理库存(VMI)就已经从一个流程创新逐渐变成了一个主流的运作模式在行业里得到了广泛的认可和推广。再比如目前在西方比较受欢迎的ATP能力：由客户的需求执行有效性出发决定是否接受某个定单，也可以说是一个最佳实践的例子。
它强调企业在考察一个定单的满足能力时，综合考虑包括供应能力，物料供应能力，现有的产能，客户优先级，对预留给重要客户的物料是否有影响，接单后对其他定单的影响等方面的因素。它维护了企业一言九鼎的形象，是用户进行高质量服务的一个重要工具。当然，也许某些国内企业目前的发展阶段还照顾不到这些问题。但是作为一个流程的创新，ATP是一个很好的例子，也是发展到一定规模和业务目标的企业会用到的一种模式。
