4月初，Sun向Java协会（JCP??Java Community Process）提交了Java EE 6 草案，但接下来却销声匿迹了。据称，规范被递交进行审议等待正式批准，但是很快即被收回，因为专家组为该规范提出了一些问题。
一个由16个公司和个人组成的小组为此规范进行了投票，Sun公司和红帽公司投了赞成票，Intel、 HP、 Oracle、SAS协会、Google、SAP、Doug Lea和Hani Suleiman公司弃权，Apache软件基金会、BEA Systems、Borland Software和Fujitsu没有参与投票。
Apache 软件基金会的Geir Magnusson为Java EE 6规范，也就是众所周知的JSR(Java Specification Request) 313，提出了一个问题：Java EE TCK(兼容性检测工具包)是否有应用领域的限制。Magnusson说，Sun公司在有目的地保护Java以达到自身商业意图。
目前，关于Java EE 6规范是否有应用领域的限制这一问题引发了业界的广泛争论，莫衷一是。
在JSR 313是否被批准的问题上，SAP公司投了弃权票，他们进而表示：“我们正在等待有关方面对该许可证条款进行更多的澄清，就我们来看，这些条款貌似要求每个Java EE profile都要支付许可证费用。如果这一点是确定的，那我们就要在许可证条款的JSR问题上投反对票。”
Intel也投了弃权票，并说明他们在等Sun公司对SAP等公司所提出问题的回应。
红帽公司为规范投了赞成票，该公司表示：“EE6规范的spec lead证实了EE6 TCK将不包含应用领域限制，因为最初Apache是针对另一个JSR（SE TCK 许可证）的，这是件好事。然而，由于缺乏明确的禁止应用领域限制的JSPA规则，我们仍将为相似问题的再次出现而担忧。”
红帽公司的Mark Little在一次采访中说：“我们对这一JSR背后的相关措辞十分关注，但并不认为这一问题重要到以至于延缓开发以及其后的相关程序。我们知道EE6对协会和供应商来说是非常重要的，因此我们投了赞成票，但是我们已将保留意见发给了Sun 公司。
因而，在将来，对于任何提交的JSR（无论是由Sun 公司或其他公司），人们将尤其期望spec lead提供应用领域限制方面的明确信息。
同时，传闻说Sun公司计划于近期开放JDK（也应包括JCK ，或者说TCK)的源码。然而，一位观察家对此持怀疑态度：“如果其确实如此，我不相信它像被描述的那样。‘JCK现在处于开放许可证下，并且任何人都可以不经过任何修改的进行使用，进而证明其与Java SE规范的兼容性并通过检测，为其装备接收所有来自spec lead和专家组的必需IP。我为什么不相信它呢？因为如果它们想要这么做，他们为什么不首先用公关手段而为TCK赢得胜利呢？”
资料显示，Sun公司或许确实做了些傻事，比如：该公司说如果你的代码是GPL，那么在GPL下JCK是可用的……如果他们这么做了，我认为其结果是，虽然GPL下的源码是可用的，但并不意味着你只需通过代码库就能得到所有的IP权限。换句话说，代码库是进入JCK的开端，但JCK??这是只能从Sun公司得到的。
许多JSR 313专家组成员说过，他们认为Java EE许可证持有人对这一问题有疑问，这导致针对TCK和商标权的商业许可证结构的变化。
而另一位观察家说：“我认为FOU（应用领域）问题是莫须有的，因为对于Java EE，从来就没有一个具体的应用领域。他们或许站在了一个被误导的原则立场上。但是最终，我认为他们将不得不妥协??如果JCP 被认为是一个开放spec 组织，那么JCP一定是应用领域不受限的，我希望Sun能带领我们前进，而非被拖住了前进的步伐。”
曾参与相关Java EE 6问题讨论的Oracle公司Java平台组负责人 Steven Harris表示，他相信spec将被再次递交并最终会获得批准。Harris说：“我期待着JSR 313被递交并被接受，因为被提出的问题并不会产生太大影响。”
Java EE 6 预期在2008年的第三季度完善和发布。
