很多企业都在为数据中心的冷却和散热问题伤脑筋，而只有极少数能对数据中心的运营进行全局考虑，以减少对环境的影响和对自然资源的过度使用。
专家指出，最高效的数据中心不一定就是绿色的。绿色数据中心需要全面的理解和整体认识，这包括位置、环境、社区、物理建筑、基础设施、员工、系统建设和维护等众多因素。
成本问题
建造一个绿色数据中心和建造一个普通数据中心的成本很难进行对比，很多所谓的“绿色实施”，比如更高效的服务器，更高的整合程度，虚拟化技术的应用以及高效的冷却设备，很快都成为了普通数据中心建设的标准，因此“绿色”和“传统”数据中心建设成本的区别有时并不明显。
一般认为，数据中心的环保建设成本是最小的，专家指出：“最终，建造绿色数据中心的成本比建造非绿色数据中心的成本还要低。并且，更高效的数据中心将使得建筑物的寿命更长。”
Gartner的分析师Rakesh Kumar说：“CIO如果不为环保设计和高效系统进行投资，特别是不为新的数据中心进行绿色投资，他们就有丢掉职位的危险。”
不幸的是，很多数据中心随之而来的问题仍然没有被注意到，在《计算机世界》进行的调查中，38%的读者说能源成本已成为了设备生命周期成本很大的一部分，41%的读者说不知道他们的数据中心使用了多少能源??导致这个调查结果的原因也许是因为数据中心的能源使用量没有与其他设备分开测量，也许是因为其不是IT预算的一部分。
环保认证问题
全社会越来越注重环境问题的重要性，公司也希望提高企业环保设计，并以宣称自己是绿色企业为荣。于是，大型数据中心的环保问题就成了焦点。同时，数据中心的建设不仅仅是服务器、存储等设备的节能环保，数据中心本身的建设也要遵循环保规范。从国际上看，数据中心的构建有一整套完整的质量体系支撑，如美国的虑LEED绿色建筑评估体系等。数据中心的构建都要受到绿色建筑评估体系的制约，企业建数据中心必须要考虑LEED绿色建筑评估体系的要求。AMD在美国拥有870000平方英尺的楼宇小区，为了获得了LEED绿色建筑评估体系认证，该公司与一家野生植物中心合作，目的是保护当地野花，植物和景观。建筑群，车库，道路的规划都使得对现存植物和水资源的影响达到最小，并且全部使用当地植物以减少灌溉的需求。微软也拥有美国绿色建筑委员会颁发的LEED项目银奖证书。而在中国，虽然一些行业也已将LEED引入其中，但是数据中心的建设还很少有涉及。而在中国，由于相关环保标准的缺失，使企业建数据中心面临很多规范问题，造成资源利用不当、使绿色数据中心徒有其名。
转变旧的废弃设备处理观念
从国际上看，过期电子设备淘汰的机制正在发生变化。过去，欧美国家大多数被淘汰的电子产品被集中起来出口到发展中国家，这是有悖于环境可持续发展观念的。近年来，更多的环保人士正试图改变这种局面。美国硅谷有毒物质联盟等组织正在倡导企业提高循环利用率，专家指出，企业应该去发现他们是否可以在某些地方对旧的电脑设备进行再利用；其次，转售他们不需要的设备；最后的方法才是设法将无法再利用和售出的部件和系统进行回收。从2005年11月开始，他们回收了9200台电脑，转售了2000台电脑，并且回收了将近200000英镑的设备。在中国，随着建设节能型社会的深入进行，资源的回收再利用问题也日益受人关注，企业数据中心的建设也应该与国际接轨，秉承可持续发展观念，提高设备的循环利用率。
