2008年9月26日，用友软件在成功实施了第一期（2007年度）股权激励的基础上，公司董事会又决定推出第二期股权激励。本次股权激励包括两部分：一是2008年度股权激励股票共计449.28万股，占公司总股本1%，授予价格为公司董事会决议公布前三十个交易日公司股票均价的60%；二是预留股份80万股，占公司总股本0.18%，授予价格为董事会决议公布前二十个交易日公司股票均价的75%。
公司第一期股权激励是在2007年8月8日授出的。当时，公司向一千余名核心员工（占公司总人数的20%）授予了第一期股权激励，授予数量为673.92万股，占公司总股本3%，授予价格为18.17元。从实施结果看，公司在推出股权激励计划后，公司治理结构、薪酬与考核制度进一步完善，更好地发挥了激励与约束机制，员工积极性和创造性进一步增强，促进了公司业绩持续快速增长，实现了员工与公司共同发展。2007年度，公司主营业务收入同比增长21.9%，高于行业平均水平；公司主业净利润同比增长57%，保持持续高增长。2007年公司授予一期股权激励价格为18.17元，截止2008年9月27日，公司复权后的股价为47.62元。
公司在成功实施第一期股权激励，充分感受到股权激励给高科技企业带来的积极作用的基础上，适时推出第二期股权激励，并使用部分预留股份，对新进入公司的核心骨干员工予以激励，这将对构建更加稳定和高素质的人才梯队，促进公司业绩增长和价值提升起到积极作用，也将为公司实现"成为世界级的管理软件和移动商务服务提供商"的目标提供有力保障。
