配置的难题
当部署iPhone或者iPad的时候，企业IT部门必须准备大量的人工工作以配置这些设备。Forrester分析师Andrew Jaquith说，苹果自己的iPhone配置工具能生成配置文件，但是，不能自动进行安装。Exchange和Lotus Notes等流行的电子邮件服务器能够使用这些配置文件，但是不能生成配置文件，而且自动执行远程配置和设备证书生成的能力是有限的。
小型咨询公司D7 Consulting的设计和复印负责人Terrell Woods证实iPad缺少好的配置工具。在最近的iPad部署过程中，他在把iPad送到建筑工地之前必须逐个配置每一台iPad。他说，iPad的操作系统不允许你把iPad设置成为一种企业设备。这是一个比较麻烦的地方。
缺少第三方软件
苹果最新的iPhone操作系统iOS 4旨在把企业管理引进到iPhone智能手机，并且多数做到了。Forrester称，在远程库存、口令管理和政策安装等方面有一些接口。
然而，这些接口是让第三方企业管理软件厂商使用的。Jaquith说，希望大量使用iPhone或者iPad的企业在2010年年底或者2011年上半年之前不要指望看到可信赖的第三方移动设备管理平台。
安全性能不足
对于许多公司来说，iPhone和iPad有充分的安全功能。但是，并非所有的公司都如此。需要最高级安全水平的企业将继续部署与强大的身份识别令牌配套的黑莓智能手机。这主要是指RIM用于身份识别的智能卡阅读器。Jaquith说，iPhone没有相当于这个功能的东西。
虽然iPhone 3GS和iPhone 4都有设备加密功能，但是，这些加密措施都没有达到FIPS 140-2标准。因此，iPhone对于需要FIPS的企业来说不是一个好的选择。许多公司还要能够使用S/MIME或者PGP进行签名、加密或者解密电子邮件信息。与黑莓不同，iPhone不支持这些技术。
iPhone的短信不能存档
一些公司必须遵守Sarbanes-Oxley等严格的法规。例如，某些员工必须把他们的短信登记和存档。但是，据Forrester说，iPhone缺少这个功能。
数据混合在同一部设备上
iPhone和iPad模糊了工作与个人生活的界限。这叫作技术消费化。这也是员工希望使用自己的个人设备处理工作任务的原因。用一部手机处理所有的需求。
但是，这是IT部门的一个最头痛的问题。Jaquith说，把两个环境中的数据混合在一个设备上，意味着员工能够轻松地把一个环境中的信息剪切粘贴到另一个环境中。在工作中使用自己的设备的员工也许不愿意IT部门远程删除他设备中的一切信息，这不仅仅是与工作有关的数据。
