CRM客户关系管理系统能够帮助企业有效提高效率、拓展市场，并对对客户互动信息的搜集和加工以帮助企业及时把握新的市场机会，占领更多的市场份额。SaaS模式在减少项目成本、定制个性化流程、降低项目风险方面有其独到的优势。但目前的情况下两者的兼容仍需磨合。
CRM语音应用很难与SaaS应用集成
现在的CRM软件功能已经越来越强大。而功能的强大也就意味着对网络性能的要求越来越高。如现在不少的CRM软件已经集成了语音呼叫系统。也就是说，当客户打电话过来的时候，能够自动根据客户的电话号码进行转接，转接到对口的业务员那边，以减少客户的等待时间，提高客户的满意度。如果现在将这个服务器部署在网络上，那么很难将这个语音呼叫系统跟CRM软件服务器集成起来。
由于SaaS模式本身的技术限制，将服务器部署在网络上，让多个客户共享服务器。这使得CRM软件的一些高级应用，如语音技术很难与CRM软件集成。所以，这就将那些对语音技术有要求的客户排除在门外了。有些想急于得到这个订单的企业，甚至以ASP的模式来招揽客户。这就增加了SaaS市场的混乱程度。总的来说，到目前为止，CRM软件仍然无法与SaaS应用紧密的结合。因为随着客户需求的提高，一些CRM软件上的高级应用无法在SaaS软件是实现，无法与软件及服务模式兼容。
SaaS与现有CRM的软件架构磨合困难
CRM对于企业来讲应该算是一个比较高层的信息化建设，在实施这个项目之前肯定会有一定的信息化基础，CRM的建设肯定与这些现有的信息化基础有重要的联系，但是企业要部署基于云计算的CRM系统时，实施起来非常的困难，不同服务器上的数据实现同步处理，这是具有挑战性的事情。
尽管有些云计算服务提供商一直都在强调他们的产品集成性有多好。他们指的这个集成性是什么呢?他们指的是，你如果OA系统与CRM软件都购买他们的产品，那么就可以得到很好的集成。但是如果企业在购买他们的CRM服务之前，已经有了完善的OA系统或者财务管理软件，此时企业难道为了这集成，而放弃原先的系统，再去重复购买OA服务或者财务信息化管理服务呢?这显然不合情理，会造成信息化管理上的重复投资。企业最希望的是购买CRM软件后能够直接与现有的管理系统进行集成。
CRM的分析应用会产生大量的网络流量
分析型的CRM系统，在对历史数据进行分析的时候，会产生大量的数据流。如在根据以前三年的交易数据预测未来一年的订单数量的时候，其需要用到过去三年的交易数据。而且需要对这些数据进行统计、分析。那时，将这个服务器系统与客户端都部署在企业的局域网内(这个网络的性能与吞吐量要比互联网好的多)，也大概需要花费半个小时的时间。而如果采取云计算模式来部署CRM系统，由于服务器是部署在互联网上的。现在用户需要运行这个预测功能的话，由于受到网络速度的限制(国内的网络速度是比较慢的，跟局域网的速度没有可比性)，其需要花费大约几个小时，甚至更长的时间。
