当前，随着国内企业对ERP了解地不断深入，越来越多的企业期望通过ERP系统的实施来改善企业的管理水平和效率，从而为企业赢得中长期的竞争优势，ERP系统的引进已成为我国企业管理现代化的迫切需要，然而目前我国真正成功实施ERP系统的企业还比较少。甚至有的企业引进的ERP系统不仅无法在企业良好地运行，利用效率很低，还由于因实施ERP系统时进行的业务流程重组改变了原有的工作和管理方式，使企业的管理陷入进退两难的混乱局面，更不用说改进运作效率和管理水平了。
ERP在我国的应用可谓是千疮百孔，除用户自身原因，ERP系统也存在三大突出问题。具体如下：
1、安全问题突出
作为掌握着企业核心资源信息的ERP系统，长久以来其安全性却遭到忽视。CIO及IT经理们更多的将精力放在系统安全的维护上，在为ERP选型时却常常忽视安全问题。根据Onapsis小组的评估，超过95%的ERP系统能够作为攻击目标被加以利用，例如间谍式信息窃取攻击。
ERP系统，作为数据库平台上的捆绑组件，往往包含着多个其它应用程序的接口，并运行着许多敏感的业务信息，例如财务明细、销售情况、生产状态以及支出、结算和工资等。因此如果其遭受攻击，将会对业务流程及生产方面造成巨大破坏。因此，建立信息安全管理机制，保护ERP系统的安全关系到企业信息化建设的成败。尤其在信息化应用迅速普及的今天，基于Internet远程访问的ERP系统时刻面临着病毒、黑客等风险，稍有不慎就可能带来巨大的损失。
2、可选的ERP系统选型少
企业在实施ERP系统时第一步就是要根据自身情况选择相应的ERP系统类型，但由于ERP发展时间和ERP研究行业、研究经费的限制，很多中小企业和非制造行业都存在选型难的问题。同时随着我国市场国际化和竞争的不断加剧，目前，ERP系统在国内总体效果并不好，有的ERP系统没有为企业带来大的效益，还给企业管理带来了不便。一些企业没有认识到ERP系统功能的实质并且好高骜远，从而给选型埋下了失败的种子。在ERP系统选型时要注意适用性、产品的成熟度、系统的架构、系统支持和服务水平。
3、ERP内部运行机制、算法陈旧
ERP的计划管理的模型仍然是MRPII，其编制计划的方法仍然采用MRP和MPS计算物料的需求、发布补充定单等。这种于60年代出现的用最朴素逻辑、在计算机帮助下按产品BOM和工艺流程逐级推演，得到了在一般平稳生产条件下可以应用的生产计划，该方法流行了近40年。但是MRP方法存在着以下重要的弱点：MRP算法假定提前期是已知的固定值，系统要求固定的工艺路线仅仅根据交付周期或日期来安排生产的优先次序，所有工作都是在假定无限能力的前提下进行，重复计划过程要花费相当多的时间。而相关计划的更改十分困难。
另外MRP极为贫乏的决策支持能力令制造企业的上层管理人员甚为不满。30多年来MRP的这些缺陷虽然不断有些技巧性的改进、虽然ERP系统在做生产计划时考虑了能力资源的约束，但仍旧是一种串行过程的校验处理始终没有实质性的改变。在国际化多变的市场面前MRP的上述缺点显得愈加，突出传统ERP的计划模型越来越不能适应企业变化的需求。对于行业领先的大企业和重要的国际化制造商来讲，替代MRP和扩展ERP是势在必行的。
