入侵检测系统根据入侵检测的行为分为两种模式：异常检测和误用检测。前者先要建立一个系统访问正常行为的模型，凡是访问者不符合这个模型的行为将被断定为入侵;后者则相反，先要将所有可能发生的不利的不可接受的行为归纳建立一个模型，凡是访问者符合这个模型的行为将被断定为入侵。
这两种模式的安全策略是完全不同的，而且，它们各有长处和短处：异常检测的漏报率很低，但是不符合正常行为模式的行为并不见得就是恶意攻击，因此这种策略误报率较高;误用检测由于直接匹配比对异常的不可接受的行为模式，因此误报率较低。但恶意行为千变万化，可能没有被收集在行为模式库中，因此漏报率就很高。这就要求用户必须根据本系统的特点和安全要求来制定策略，选择行为检测模式。现在用户都采取两种模式相结合的策略。
入侵检测系统还有其他安全策略，如控制策略和响应策略。对于控制策略，入侵检测系统分为集中式控制和分布式控制两种模式(还有第三种是混合式)。在前者模式中，只有一个中央入侵检测服务器，分布于各个主机上的审计程序将搜集到的数据踪迹发送到中央服务器集中分析处理。这种方式可以节约资源，降低成本，但是在可伸缩性和可配置性上有弱点，网络一大，就可能形成瓶颈，而且具有单点故障的风险。
分布式控制模式则将中央服务器的功能分配到各个节点的主机之中，让大家都有入侵检测的功能，这种模式显然能够避免上述弱点。但分布式控制策略的维护成本却高了很多，而且增加了监控主机的工作负担。
从响应策略上讲，入侵检测系统也分为两种模式——主动响应和被动相应。前者对于搜集到的不正常情况只发出告警通知，不试图降低所造成的破坏，也不对攻击者反击;后者则可能对被攻击系统实施控制，阻断或减轻攻击影响。表面上看，主动响应的功能要比被动相应强很多，大家都选前者不就完了吗?
事情还有另一面，网络上的事情是比较复杂的，如果没有弄清楚异常情况的根源便自动采取反制措施，如断开网络连接、杀死可疑进程等，可能会给系统带来严重后果。须知正在运行的信息系统是连着千万个用户，任何一个系统的操作需要慎之又慎。
